分离超过三年的小三，意味着这个第三者与夫妻关系已经持续了相当长的时间。在这种情况下，分离可能会更加复杂和困难。以下是一些建议，帮助夫妻处理这个问题：

1.诚实面对：

夫妻双方需要诚实面对这个问题，并意识到分离是为了重建婚姻和家庭的健康。不要回避或逃避现实，而是勇敢地面对困难，并共同努力解决。

2.沟通和理解：

夫妻之间的沟通至关重要。双方应该坦诚地交流彼此的感受、需求和期望。理解对方的观点和情感，寻找共同的目标和解决方案。

3.寻求专业帮助：

分离超过三年的小三问题可能非常复杂，需要专业的婚姻咨询师或心理治疗师的帮助。他们可以提供中立的观点和指导，帮助夫妻双方解决冲突、重建信任和改善沟通。

4.重建信任：

分离超过三年的小三问题通常会导致夫妻之间的信任破裂。重建信任需要时间和努力。夫妻双方应该遵守承诺，坦诚相待，通过积极的行动和言辞来证明自己的诚意。

5.重新评估婚姻：

分离超过三年的小三问题可能是婚姻中其他问题的表现。夫妻双方应该重新评估婚姻的状态，思考是否还有共同的价值观和目标。如果发现婚姻已经无法修复或不再健康，夫妻双方可能需要考虑分开或离婚。

6.个人成长：

分离超过三年的小三问题可能会给夫妻双方带来很大的伤害和挑战。在处理这个问题的过程中，夫妻双方应该关注个人的成长和自我价值。通过寻求个人发展和自我提升，可以更好地应对困难和挑战。

7.建立清晰的界限：

夫妻双方需要建立清晰的界限，明确小三在他们的生活中所占的位置。这意味着夫妻双方需要彻底切断与小三的联系，包括电话、社交媒体和面对面的接触。这样可以避免小三继续对婚姻造成干扰。

8.寻求法律援助：

如果小三对夫妻关系造成了实质性的伤害，夫妻双方可以考虑寻求法律援助。法律程序可以提供保护和支持，确保小三不再干涉夫妻的生活。

9.建立支持系统：

分离超过三年的小三问题可能会对夫妻双方的心理和情感健康造成严重影响。建立一个支持系统，包括家人、朋友或专业咨询师，可以提供情感上的支持和指导。

10.培养个人爱好和兴趣：

夫妻双方应该寻找个人的爱好和兴趣，以分散注意力并提升个人的幸福感。这可以帮助夫妻双方在处理分离问题时保持积极的心态。

11.建立新的共同目标：

夫妻双方可以共同制定新的共同目标，以重建他们的婚姻和家庭。这可以包括共同的旅行计划、家庭项目或个人成长目标。通过共同努力实现这些目标，夫妻双方可以加强彼此之间的联系和信任。

12.给予时间和耐心：

分离超过三年的小三问题不会一蹴而就，需要时间和耐心来解决。夫妻双方应该给予彼此足够的时间和空间，以处理自己的情绪和情感。同时，也要保持对对方的理解和支持。

最重要的是，夫妻双方需要真诚地希望挽救婚姻，并愿意为此付出努力。如果夫妻双方都没有这种意愿或者分离超过三年的小三问题已经对婚姻造成了无法弥补的伤害，那么分开或离婚可能是更好的选择，以寻求个人的幸福和成长。