男人和小三有了孩子后，是否能够分离是一个复杂的问题，需要考虑多个方面的因素。以下是一些可能影响分离决定的因素：

1.夫妻关系：

夫妻之间的关系是决定是否分离的重要因素之一。如果夫妻之间的关系已经破裂，存在严重的不信任和冲突，那么分离可能是一个更好的选择。然而，如果夫妻之间还存在感情和愿意修复关系的意愿，他们可以选择寻求婚姻咨询或夫妻治疗，以重新建立信任和重塑关系。

2.小三的态度：

小三的态度和行为也会影响分离决定。如果小三对孩子的存在负责任，并愿意与男人一起承担抚养孩子的责任，那么男人可能会选择与小三分离，并与妻子重新建立家庭。然而，如果小三不愿意承担责任或者对男人和妻子的关系造成了更多的伤害和矛盾，那么分离可能是一个更好的选择。

3.孩子的利益：

孩子的利益是最重要的考虑因素之一。无论男人选择与小三分离还是与妻子分离，他们都应该优先考虑孩子的福祉和成长。这可能包括确保孩子得到稳定的生活环境、良好的教育和父母的关爱。男人需要认真考虑孩子的需要，并与妻子共同商讨最好的安排。

4.社会和家庭压力：

分离决定还可能受到社会和家庭压力的影响。有些社会和文化背景下，离婚被视为不可接受的行为，可能会给男人带来更多的困扰和压力。此外，家庭成员和朋友的意见和支持也可能对分离决定产生影响。男人需要权衡这些因素，并做出符合自己和孩子利益的决定。

无论男人选择与小三分离还是与妻子分离，都需要认真考虑各种因素，并寻求专业的帮助和支持。婚姻咨询师、律师和家庭辅导员等专业人士可以提供指导和建议，帮助男人做出明智的决策，并为他们提供必要的支持和资源。最重要的是，男人需要为自己和孩子的未来做出最好的安排，确保他们能够得到幸福和健康的成长。